Sim, é possivel adicionar uma razão de isenção por linha. para tal deverá seguir a explicação seguinte:
Selecionar uma fatura com diferentes linhas com iva0 definido.
Nas linhas, depois da coluna "Impostos" terá uma nova coluna de nome "Razão de isenção". Aqui poderá selecionar a razão de isenção por linha que pretender.